第３章– ボス戦 –
地球やガイアセイバーズの仲間を苦しめてきたボスたちと決戦！
仲間を活躍させて打倒しよう！
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【3-33】全ては、因果の果てに…
ユーゼスは自分の複製を作ってデビルガンダムと同化させ、新西暦155年の地球へ乗り込んでウルトラマンの力を手に入れるつもりだった。そしてその複製とは、イングラム・プリスケンだった・・・ -
【3-32】キング・オブ・ハートの名にかけて
千年王国を先に進むと、レインを取り込んだデビルガンダムとウルベがいた。怒りに震えるドモンは、レインを救う手を探していた・・・ -
【3-31】大決戦！メタルダーよ永遠に
千年王国を先に進むと、クールギンがメタルダーに対決を挑んでくる。そのクールギンの正体は、ゴッドネロスだった。 -
【3-30】ユーゼスの世界
ユーゼスの作り上げた理想郷、それは邪悪な雰囲気漂う異空間・千年王国だった。ユーゼスを探して進むと、そこにはかつてウルトラマンAを倒した巨大ヤプールが立ちはだかる・・・ 
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【3-29】レインの危機！デビルガンダム再び
ウルベの手に戻ったデビルガンダムの最適なコアはレインだった！デビルガンダムは捕らわれたレインを取り込み、本格的に覚醒し始める・・・ -
【3-28】決戦の予感
ネオバディムを倒してピースクラフトに戻ったガイアセイバーズ。デビルガンダムの情報を受け取り、ネオジャパンコロニーへと急ぐ。 -
【3-27】激突する宇宙
イングラムたちガイアセイバーズは、宇宙要塞バルジに乗り込む。ユーゼスの姿は無かったが、ネオバディムの壊滅には成功する。 -
【3-26】新たなる指導者
光の巨人のカラータイマーを手に入れたユーゼスは、時空を超えて新西暦195年に帰る。過去の時代に残されたガイアセイバーズは、ユーゼスの念を頼りにバビロスで異空間へ飛び込む決意をするのだった。 
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【3-25】歪んだ未来
イングラムの導きで新西暦195年の未来へ戻ったガイアセイバーズ。しかし再び戻った未来では、以前の未来よりも複雑な事態になっていた・・・ -
【3-24】ロスト・メモリー
光の巨人のカラータイマーを手に入れたユーゼスは、時空を超えて新西暦195年に帰る。過去の時代に残されたガイアセイバーズは、ユーゼスの念を頼りにバビロスで異空間へ飛び込む決意をするのだった。 -
【3-23】さらば師匠！東方不敗暁に死す（ガンダムチーム）
東方不敗は、地球環境を戻すためにデビルガンダムを利用して地球人の抹殺を目論んでいた！ドモンは漢の戦いを征して、師匠の野望を打ち砕く。 -
【3-22】シュバルツ散る！ドモン涙の必殺拳（ガンダムチーム）
SRXチームは天上天下一撃必殺砲を放つが、攻撃は全てデビルガンダムに吸収されてしまう。これは東方不敗の罠だったのだ・・・ -
【3-21】ギア・オブ・ディスティニー（SRXチーム）
デビルガンダムがランタオ島に向かったとの連絡を受けたSRXチームは現場へ急行。そこにはすでに五飛がいた・・・ -
【3-20】石破天驚拳！（ガンダムチーム）
デビルガンダムを発見したドモンは、単身で挑む。しかしDG細胞により復活したゼットンやパンドンが立ちふさがる・・・ -
【3-19】デンジャラス・アレンビー（ガンダムチーム）
デビルガンダムがギアナ高地にいる可能性が高いと察知したガンダムチーム。ギアナ高地には、バーサーカーシステムに操られたアレンビーがいた・・・！ -
【3-18】大崩壊！ネロス帝国（人造人間チーム）
仲間になったトップガンダーの導きで、人造人間チームはネロス帝国の本拠地へ潜入する。帝王ゴッドネロスを守るため、己の存在理由をかけるため、バルスキーやハカイダーが最後の闘いを仕掛けてくる・・・！ 
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【3-17】燃えろ！ウルトラ６兄弟（ウルトラチーム）
宇宙刑事チームが奪回したカラータイマーを持った北斗星児と東光太郎は、ウルトラ兄弟が磔にされているゴルゴダ星へと向かう。 -
【3-16】不思議界へ（宇宙刑事チーム）
ウルトラチームの危機を知った宇宙刑事チームは、カラータイマーを奪ったフーマを追って不思議界へ乗り込む。 -
【3-15】奪われたカラータイマー
ウルトラマンエースのカラータイマーが奪われたとのウルトラサインを見たガイアセイバーズ・ウルトラチーム。現場のゴルゴダ星へと向かうが、それはETF残党の罠だった。 -
【3-14】クロス・ターゲット
これまで集めた情報から、ようやく歴史とは違うバディムの正体がはっきり分かってくる。そこでガイアセイバーズは、５つのチームに分かれてそれぞれ同時に敵を叩く作戦に出る。
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